医院始建于1970年5月，时为解放军济南军区山东生产建设兵团三师医院。

1974年底兵团撤销，三师医院由省政府交由济宁地区专署后，更名为济宁地区中医院。

1982年10月，医院由滕县搬迁至枣庄市东郊（原枣庄市结核病医院旧址）待命。

1987年10月，医院从东郊迁入市区，即公胜街24号市立医院旧址。

2013年12月顺利通过国家中医药管理局“三甲”复评，为山东省首批、枣庄市首家三级甲等中医医院。

2014年10月挂牌成为北京中医药大学枣庄医院、北京中医药大学第四临床医学院,新院区启用。

2015年1月，医院被国家中医药管理局确定为全国首批19家“中医诊疗模式创新试点医院”之一。

2015年8月，在枣庄市委、市政府和北京中医药大学共同推动下，北京中医药大学枣庄医院正式托管运行。

2018年2月，医院荣获2017年度全省卫生计生“先进集体”荣誉,院长王伊光代表医院领取了“先进集体”奖牌。

2018年3月，医院“针灸全科化”工作入选国家中医药管理局《中医诊疗模式创新试点工作典型经验（第一批）》。

2018年6月，医院顺利通过了“三级甲等中医医院”的复审。